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李津臣、赵贵虎、贺小进团队在《Nucleic Acids Research》发表人类重大疾病基因组剪切变异数据库及分析平台SPCards

发布时间:2022-08-23党总支:第五党总支科室:湘雅医院国家老年疾病临床医学研究中心/生物信息中心作者:点击量:

      近日,英国牛津大学出版社旗下的核酸及生物信息学领域权威期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research,IF=19.16)在线发表了中南大学湘雅医院国家老年疾病临床医学研究中心/生物信息中心李津臣教授、赵贵虎助理研究员和安徽医科大学第一附属医院贺小进教授的最新研究成果《Performance evaluation of differential splicing analysis methods and splicing analytics platform construction》。该研究在全球发布了迄今最全面的人类重大疾病剪切突变数据库及剪切变异分析平台SPCards (http://www.genemed.tech/spcards/)。

      中南大学生命科学学院和湘雅医院联合培养博士研究生李阔阔(现就职于安徽医科大学第一附属医院)和罗腾飞为本项目研究共同第一作者,中南大学湘雅医院国家老年疾病临床医学研究中心赵贵虎助理研究员和李津臣教授,安徽医科大学第一附属医院贺小进教授为本文通讯作者。本研究工作得到了夏昆教授团队的大力支持,获得了国家重大研究计划、国家自然科学基金的支持。

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      mRNA剪接在维持人类蛋白质多样性和复杂生物学功能方面发挥着不可或缺的作用,超过 90% 的人类基因通过可变剪接产生多个成熟的mRNA,调控不同组织或细胞特异性生物学过程。mRNA中剪接体顺式调节元件上的部分基因变异可能破坏剪接过程、影响基因功能并导致疾病的发生。然而,如何在全基因组水平有效地识别和分析导致异常可变剪切的基因变异存在巨大挑战。

      该研究团队开发SPCards 数据库及分析平台,整合了21800个阳性和27090阴性剪接变异,同时集成了18款剪接变异分析软件在全基因组水平识别导致异常可变剪切的基因变异(包括非经典可变剪切位点)。此外,该研究还系统评估了这18款软件在不同场景的性能,为选择合适的分析方法提供了参考。总之,用户基于SPCards不但可以快速查询已知可变剪切变异,还可以选择合适的软件分析未知的可变剪切变异,有效提升了基因变异致病性解读水平。

      据悉,李津臣教授团队一直致力于以孤独症、帕金森病等神经精神类疾病的生物信息学与医学遗传学研究,开发了系列整合疾病表型数据与遗传信息的分析工具和数据库,并逐步建立了特色鲜明的神经精神疾病多组学分析体系;利用该体系揭示了孤独症和帕金森病发生发展相关的关键变异、核心基因、分子亚型和调控网络,为疾病的精准防控和诊疗提供了科学依据。作为项目负责人获批国家重点研发计划(青年科学家项目),入选国家万人计划青年拔尖人才,以第一作者或通讯作者在Nucleic Acids Research、Molecular Psychiatry、Brain、Biological Psychiatry、Nature Communications等IF>10的杂志发表研究性论文10余篇。


论文链接:https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac686/6673120


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责编:严丽 罗闻
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